Szpitalem kieruje i reprezentuje go na zewnątrz:
Dyrektor Szpitala lek. med. Jacek Bielan.
Dyrektor podejmuje samodzielne decyzje dotyczące funkcjonowania Szpitala oraz ponosi za nie odpowiedzialność. Dyrektor jest przełożonym wszystkich pracowników Szpitala. Dyrektora powołuje i odwołuje Zarząd Województwa Pomorskiego.
Dyrektor kieruje Szpitalem przy pomocy :
- Zastępcy ds. ekonomiczno – eksploatacyjnych – mgr Jarosław Pleszkuna, do którego zadań należy w szczególności zapewnienie stałej sprawności techniczno – funkcjonalnej Szpitala i racjonalnego wykorzystania, zgodnie z obowiązującymi przepisami, zasobów ludzkich i materialnych
- Zastępcy ds. lecznictwa – lek. med. Krzysztofa Kołcza, do którego zadań należy w szczególności nadzór i organizacja pracy lekarzy, psychologów i terapeutów oraz nadzorowanie i koordynowanie działalności podległych komórek organizacyjnych o charakterze medycznym
- Zastępcy ds. pielęgniarstwa – dr Edyty Karcz, która min. nadzoruje i koordynuje pracę personelu pielęgniarskiego oraz pracę personelu niższego
- Głównej księgowej – mgr Hanny Gornowicz, której zadaniem jest w szczególności prowadzenie rachunkowości Szpitala zgodnie z obowiązującymi zasadami i przepisami
- Kierowników komórek organizacyjnych
W Szpitalu działa Rada Społeczna będąca organem inicjującym i opiniodawczym Samorządu Województwa Pomorskiego oraz organem doradczym Dyrektora Szpitala. Członkowie Rady powoływani są na okresowe kadencje uchwalą Sejmiku Województwa Pomorskiego. Szczegółowe zadania Rady określa ustawa z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2018 r. poz. 2190 z póź. zm.) oraz Regulamin Rady Społecznej.